Fátima Fernandes nasce em Bemposta Mogadouro em 1961.
Estuda na Escola Superior de Belas Artes do Porto onde conclui o curso de Arquitectura (1979–1986). Em 1984 faz estágio em Itália, acompanhada pelo prof. Arq. Manuel Mendes.
Entre 1990 e 1992 é Arquitecta Responsável pelo Gabinete de Apoio ao Centro Histórico de Miranda do Douro.
É Professora da Secção de Arquitectura na Escola Superior Artística do Porto. ESAP, desde 1996 e Directora do Departamento de Arquitectura da mesma, desde 2013.
Fátima Fernandes fundou, em 2000, a Cannatá & Fernandes arquitectos Lda com Michele Cannatà com quem trabalha em conjunto desde 1984, desenvolvendo atividade profissional em Portugal e Itália. Responsáveis pela coordenação científica dos eventos de arquitetura da Concreta – Exponor (desde 1999), pela coordenação científica do Departamento de Arquitectura das Edições ASA (1993) e pela coordenação científica do Departamento de Arquitetura das Edições Civilização (desde 2004).
As suas obras e projetos estiveram presentes em várias exposições individuais e coletivas, entre as quais a Bienal de Veneza, em 1996 e a Trienal de Milão, em 1997.
O atelier desenvolve projetos nas áreas de arquitetura, planeamento e urbanismo, design, design gráfico e serviços de engenharia. Desenvolve também uma importante atividade editorial através da edição de livros e comissariando exposições e seminários internacionais de arquitetura.
Têm sido convidados por universidade e instituições culturais para falarem sobre os seus projetos e participado, enquanto docentes, em vários seminários internacionais de projeto.