Nasceu em 1910, em Setúbal. De 1927 a 1929 estudou no atelier de Lázaro Lozano. Em 1930 estudou na Escola de Belas Artes de Lisboa e uns anos mais tarde no Conservatório Nacional (Curso de Cenografia).

Em 1929 fez a sua primeira exposição de pintura no Clube Naval Setubalense, tendo desenvolvido nos anos seguintes várias exposições individuais e colectivas, em Setúbal, Lisboa, Coimbra, Porto e outras cidades do país.

Ao longo da sua extensa carreira que decorre em Portugal e no estrangeiro, Álvaro Perdigão não se fixou num género de pintura. Foi sócio da Sociedade Nacional de Belas Artes e, na década de 50, pertenceu aos seus corpos gerentes, como vice - presidente. Foi também professor do ensino técnico na Escola Industrial Marquês de Pombal.

Em 1950 foi convidado para exercer o cargo de Professor de Pintura da Casa Pia de Lisboa, função que desempenhou até 1980. Em 1985 foi homenageado pela cidade de Setúbal, sendo-lhe atribuída a Medalha de Mérito da Cidade. No mesmo ano realizou também uma exposição retrospectiva de 57 anos de actividade a convite do Museu de Setúbal e da Câmara Municipal de Setúbal. Em 1989 foi eleito membro da Academia Nacional de Belas Artes e homenageado na 6ª Bienal de Artes Plásticas da Festa do Avante, com a sua segunda exposição retrospectiva. O desenho, a aguarela, o óleo, a monotipia, o vitral e a cerâmica são técnicas utilizadas pelo artista.

Faleceu a 10 de Março de 1994.