Né à Porto en 1952.

Il a étudié l'architecture à l'Escola Superior de Belas Artes do Porto et à la Faculté d'Architecture de l'Université de Porto. Au cours de son parcours étudiant, il a collaboré en studio ; par Álvaro Siza Vieira entre 1974 et 1979. En 1980, il obtient son diplôme et commence à travailler comme architecte.

Tout au long des années 1980 et 1990, il a été invité à enseigner dans plusieurs facultés et écoles d'architecture internationales, telles que : la Faculté d'architecture de Paris-Belleville (1988), les écoles d'architecture de Harvard et de Dublin (1989), l'ETH de Zurich (entre 1990 et 1991) et Ecole d'Architecture de Lausanne (Professeur invité en 1994).

Ses œuvres sont dispersées dans tout le pays et à l'étranger. Les points forts incluent le marché municipal et le stade municipal de Braga (Estádio Axa), la Casa das Artes, la Casa do Cinema de Manoel de Oliveira et le bâtiment Burgo, à Porto ; le Ponte dell'Accademia, à Venise (Italie), le couvent de Santa Maria do Bouro, à Amares, le bâtiment Alfándega Nova (actuel Musée des Transports et Communications/Centre de Congrès et d'Expositions) ; l'ancienne Cadeia da Relação (convertie en Centre Portugais de Photographie), à Porto, et les interventions territoriales dans la bande marginale de Matosinhos, dans le métro de Porto et sur la Praça do Município de Maia.

En 2011, Souto de Moura devient le deuxième architecte portugais, après Siza Vieira (1992), à remporter le Prix Pritzker d'architecture, décerné depuis 1979 aux plus grands noms de l'architecture mondiale.